भारत सरकार के सहकारिता मंत्रालय के सहकारिता मंत्री राष्ट्रीय सहकारी प्रशिक्षण परिषद (एनसीसीटी) और एनसीसीटी की गवर्निंग काउंसिल के अध्यक्ष हैं। सहकारिता मंत्रालय में राज्य मंत्री और सचिव, सहकारिता मंत्रालय, भारत सरकार एनसीसीटी और एनसीसीटी की गवर्निंग काउंसिल के दो उपाध्यक्ष हैं। भारत सरकार के सहकारिता मंत्रालय के अतिरिक्त सचिव एनसीसीटी की कार्यकारी परिषद के अध्यक्ष हैं जो राष्ट्रीय सहकारी प्रशिक्षण परिषद के प्रशासनिक और वित्तीय मामलों से निपटते हैं। सचिव, एनसीसीटी, एनसीसीटी की गवर्निंग काउंसिल और कार्यकारी परिषद के सदस्य सचिव हैं।
भारत सरकार के सहकारिता मंत्रालय के अतिरिक्त सचिव एनसीसीटी की कार्यकारी परिषद के अध्यक्ष हैं जो राष्ट्रीय सहकारी प्रशिक्षण परिषद के प्रशासनिक और वित्तीय मामलों से निपटते हैं। सचिव, एनसीसीटी, एनसीसीटी की गवर्निंग काउंसिल और कार्यकारी परिषद के सदस्य सचिव हैं।
संस्थान स्तर पर, प्रत्येक संस्थान के संबंध में प्रबंधन समिति का गठन गवर्निंग काउंसिल, एनसीसीटी द्वारा किया जाता है। ये समितियाँ अपने अधिकार क्षेत्र के अंतर्गत संस्थानों के प्रबंधन की देखभाल के लिए जिम्मेदार हैं। राष्ट्रीय संस्थान की प्रबंधन समिति का गठन भारत सरकार द्वारा अतिरिक्त सचिव, सहकारिता मंत्रालय, भारत सरकार की अध्यक्षता में किया जाता है। राज्य सहकारी संघ के अध्यक्ष को आम तौर पर सहकारी प्रबंधन संस्थानों की प्रबंधन समिति के अध्यक्ष के रूप में 3 साल की लगातार दो अवधि से अधिक के लिए नामांकित नहीं किया जाता है। प्रत्येक सहकारी प्रबंधन संस्थान में रजिस्ट्रार की अध्यक्षता में कार्यक्रम सलाहकार समिति गठित होती है। राज्य सहकारी संघों के मुख्य कार्यकारी, राज्य सरकार के अन्य संबंधित विभाग के प्रमुख और स्थानीय विश्वविद्यालय/प्रबंधन संस्थानों के प्रतिनिधि इस समिति के सदस्य हैं। प्रत्येक संस्थान के वार्षिक प्रशिक्षण कार्यक्रम को कार्यक्रम सलाहकार समिति के परामर्श से अंतिम रूप दिया जाता है।
एनसीसीटी वैमनीकॉम, पुणे के माध्यम से वरिष्ठ स्तर के अधिकारियों और 19 आरआईसीएम/आईसीएम के माध्यम से मध्यवर्ती और कनिष्ठ स्तर के अधिकारियों और सहकारी समितियों के सदस्यों के लिए कार्यक्रम आयोजित कर रहा है।